L'AGAUR requereix desenvolupar activitats d'avaluació per tal de seleccionar les sol·licituds que millor s'adapten als requisits i criteris de valoració de les diferents convocatòries competitives que gestiona. En aquest sentit, aplicant els principis d'independència, externalitat, qualitat i transparència, s'ha dissenyat un procediment bàsic d'avaluació que s'aplica per defecte a totes les convocatòries, excepte que calgui tenir en compte peculiaritats específiques. Aquestes actuacions permeten comptar amb la confiança de la comunitat científica i aportar credibilitat davant dels diferents usuaris sol·licitants de beques i ajuts. La innovació en els processos d'avaluació és contínua i es nodreix de les aportacions dels usuaris.